El Centro Universitario de Investigación Científica y Tecnología tiene la misión de sistematizar la investigación de pregrado y posgrado para contribuir al desarrollo de la sociedad.

El Centro Universitario de Investigación Científica y Tecnología en el 2020 se constituirá en un Instituto superior de investigación que sea líder en la generación de ciencia tecnología e innovación con indicadores de calidad nacional e internacional.

Son objetivos del Centro Universitario de Investigación Científica y Tecnología CUICYT:

1. Promover la investigación Científico-Tecnológica integrando los Planes y Programas de las diferentes Unidades Académicas;
2. Desarrollar estrategias institucionales de divulgación del Conocimiento Científico generado por la UTN;
3. Promover la excelencia académica-investigativa, a través de la participación de los estamentos universitarios en proyectos científicos y tecnológicos;
4. Propiciar nuevas alternativas Científico-Técnicas, en las cuales participan los Docentes-Investigadores universitarios, a través de estrategias y programas de capacitación, formación, e integración de redes, intercambios de investigadores y de desarrollo de inventos académicos dentro y fuera del país;
5.  Impulsar la ejecución de acciones de transferencia de tecnología juntamente con la comisión de Vinculación con la Colectividad de la UTN;
6. Promoción para la formación y capacitación permanente de investigadores, intercambio con universidades nacionales y extranjeras y con otros organismos de Investigación, Desarrollo e Innovación.

Los proyectos de investigación científica deben estar relacionados con las 10 líneas de Investigación vigentes, aprobadas por el Honorable Consejo Universitario:

1. Producción Industrial y Tecnología Sostenible
2. Desarrollo Agropecuario y Forestal Sostenible
3. Biotecnología, Energía y Recursos Naturales Renovables
4. Soberanía, Seguridad e Inocuidad Alimentaria Sustentable
5. Salud y Bienestar Integral
6. Gestión, Calidad de la Educación, Procesos Pedagógicos e Idiomas
7. Desarrollo Artístico, diseño y publicidad
8. Desarrollo Social y del Comportamiento Humano
9. Gestión, Producción, Productividad, Innovación y Desarrollo Socio-económico
10. Desarrollo, aplicación de software y cyber security (seguridad cibernética)